Lessons Learned from the Covid-Pandemic: The Perspectives of Higher Education Professionals/Academic Scholars

The start of the COVID-19 pandemic was devastating, affecting every country and territory around the world. COVID-19 prompted immediate lockdowns and the implementation of measures that brought daily operations of life to an immediate halt. The virus contributed to many closures and posed challenges for businesses, organizations, government agencies, and academic institutions. Similar to businesses, higher education institutions (HEIs) faced enormous challenges, as they were forced to take swift action to ensure the safety of their students, faculty, staff, and administration. The purpose of this qualitative study was to gather lessons learned from the perspective of higher education professionals and academic scholars (HEP/AS, [N = 196]) regarding how their institution prepared for the pandemic and to gain insight into responses to the disruptions created by the pandemic. Using the SWOT (strengths, weaknesses, opportunities, and threats) analysis model, the researchers collected information from professionals and academic scholars about how this virus impacted their HEIs. The HEP/AS findings are indicative of five main strengths encompassing the importance of organizational action aimed at preventing and controlling the devastating effects of COVID-19. The results, highlighted the strengths, identified weaknesses, and provided recommendations for the future.

Utilisation du Remdésivir et impact potentiel sur divers paramètres biologiques

Contexte: Le Remdésivir (R), antiviral inhibant l'ARN polymérase du SARS-CoV-2, a été utilisé dans le cadre d'une Autorisation temporaire d'utilisation (ATU), puis de l'Autorisation de mise sur le marché (AMM) pour les pneumopathies à COVID-19 modérées à sévères. Objectifs: Les objectifs de ce travail sont de décrire la population ayant reçu le R et les variations biologiques possiblement associées à son administration. Patients et méthodes: Une étude rétrospective monocentrique incluant les patients ayant reçu du R entre le 15/09 et le 15/12/2020 a été menée. Les caractéristiques des patients, les modalités de leur Prise en charge (PEC), leur devenir et les paramètres biologiques incluant créatinine, ASAT, ALAT, CRP et D-dimères ont été recueillis dans les 48 heures avant et après l'administration de R via Crossway®, ICCA® et Cyberlab®. Les données étaient exploitables (DE) quand les deux valeurs avant et après R étaient disponibles pour chaque paramètre. Résultats: Au total, 88 patients ont été inclus (âge médian = 70 ans, sexe-ratio = 2/1, moy indice masse corporelle = 30,19 ± 6,38 kg/m2). Une comorbidité était présente chez 94,3 % des patients : antécédent cardiovasculaire (76,1 %), obésité (48,9 %), diabète (30,7 %), antécédent pulmonaire (13,6 %) et immunodépression (6,8 %). Le R était initié dans 62,5 % des cas en réanimation et 37,5 % en médecine, en moyenne 7,9 ± 3,7 jours (j) [1 ;19] (médiane = 8 jours) après le début des symptômes ;la durée moyenne de traitement était de 6,2 ± 2,2 jours [1 ;10] (médiane = 5 j). R a été arrêté prématurément pour 7 patients : 2 bilans biologiques altérés, 2 transferts vers d'autres hôpitaux, 2 améliorations et un décès. La durée moyenne de séjour des patients sous R était de 12,5 ± 8,3 jours [4 ;55] (médiane = 10 jours). Après sortie d'hospitalisation, 47,7 % sont rentrés à domicile, 27,3 % sont sortis en soins de suite et de réadaptation, 14,8 % sont décédés et 10,2 % des patients ont été transférés vers d'autres hôpitaux. Une diminution du débit de filtration glomérulaire (77,3 % de DE) était relevée chez 54,4 % des patients. Le passage d'un stade d'insuffisance rénale légère à sévère a été noté chez 3 patients (dont 2 dialysés à la fin du R). Après R, 18,8 % avaient des ALAT > normale (N) (54,5 % DE) et 17,0 % ASAT supérieure à la normale (N) (53,4 % DE) pour une concentration initialement N. Les valeurs maximales d'ASAT ont atteint 4 fois la N. La moyenne des CRP avant R était de 115,4 ± 82,5 mg/L (66 patients) versus 31,9 ± 45,0 mg/L après (39 patients). Les D-dimères avant R étaient de 1728,5 ± 2101 ng/mL pour 79 patients. Aucun effet indésirable n'a été rapporté. Discussion/conclusion: L'échantillon présente des caractéristiques statistiquement comparables aux données de la littérature (p > 0,05). Les bilans biologiques ont été moins réalisés après que le R ait obtenu l'AMM. Aussi, le manque de données exploitables n'a pas permis d'établir de corrélation statistique de l'utilisation du R à la variation des paramètres étudiés. La pathologie, les comorbidités et la PEC pourraient être des facteurs confondants. Il serait intéressant d'effectuer une étude multicentrique sur un large échantillon et d'inclure des données supplémentaires.

Prescription d'antibiotiques dans le COVID du sujet âgé: analyse descriptive des 1er et 2e vagues

Introduction L'infection au COVID 19 est une maladie infectieuse grave chez les personnes âgées avec des taux de mortalité élevés. Cette gravité a conduit tout au long de la pandémie à prescrire de manière souvent excessive des antibiotiques au cas où une co-infection bactérienne participait au tableau clinique. Cette analyse post-hoc étudie les facteurs associés à une prescription d'antibiotique chez le sujet âgé. Matériels et méthodes Cette étude est l'analyse des données de la cohorte COVID-Old dont le but était d'étudier l'incidence de survenue de déclin fonctionnel à 3 mois après une hospitalisation pour COVID-19. Soixante centres ont participé à cette étude prospective incluant des patients âgés de 70 ans et plus, hospitalisés pour COVID19 entre le 10/12/19 et le 04/10/2020, soit les 1er et 2e vagues. L'azythromycine n'a pas été considérée comme antibiothérapie mais comme traitement anti-COVID19. Résultats Sur 1083 patients inclus, 1072 avaient les données d'antibiothérapies renseignées, âgés en moyenne de 84±7 ans, avec un index de comorbidité de Charlson médian de 2 (IQR [1-3]). Au total 655 patients (61%) ont reçu des antibiotiques, majoritairement des céphalosporines de 3e génération (37%), du co-amoxiclav (23%) et de la spiramycine (14%). Les principaux facteurs déterminants d'une prescription antibiotique étaient, en analyse univariée: le sexe masculin, la présence d'une maladie pulmonaire ou rénale sous-jacente, une maladie COVID symptomatique et grave... Les patients recevant une antibiothérapie étaient hospitalisés 2 jours de plus en médiane, avaient une mortalité intrahospitalière et à 3 mois plus élevée (OR 3.07 et 2.08, respectivement). Il n'y avait pas de différence significative de PaO2 ou de qSOFA score (50% de données manquantes) entre les 2 groupes. Il n'y a pas eu de baisse significative de la prescription antibiotique lors de la 2e vague. Conclusion Comme attendu les patients semblant les plus graves ont reçu une antibiothérapie et ce indépendamment des 2 vagues, l'hospitalisation a donc été plus longue et la mortalité plus importante. Cependant la gravité clinique n'était pas le seul élément déterminant de la prescription, la fragilité ressentie du patient a été aussi un argument décisif subjectif (maladies rénales ou pulmonaire, dépendance, …) mais moins rationnel. En effet le nombre de comorbidité, l'institutionnalisation, la perte d'ADL, l'IADL ou le GIR n'étaient pas des facteurs d'introduction d'antibiothérapie. En conclusion plus de la moitié des patients âgés ont reçu des antibiotiques durant les 2 premières vagues de COVID19 sur des arguments de gravité parfois objectifs et souvent subjectifs. Ces chiffres sont identiques à ceux des épidémies de grippe, ce qui souligne la difficulté clinique du diagnostic de surinfection bactérienne. L'utilisation d'un arbre décisionnel d'indication d'antibiothérapie pourrait être utile pour aider le praticien dans le bon usage des antibiotiques dans ces indications. Aucun lien d'intérêt

Twitter Sentiment Analysis: Caribbean Prime Ministers Response to COVID-19 Pandemic

In today's world, millions of people use social networking and microblogging sites every day to share their views, opinions, and emotions in their daily lives. These sites can become an invaluable source for data mining and can be used effectively to evaluate people's opinion on a product, an entity or perhaps topics of interest. Sentiment Analysis, as it is called, allows us to determine whether the opinions, mood, views, or attitude in a text is either 'positive', 'negative', or 'neutral'. The focus of this study was to analyze the tweets of the top ten English-speaking Caribbean Prime Ministers on Twitter to determine how effective they were in reducing the spread of the COVID-19 outbreak in their territories. The research results provided clear evidence that the negative sentiment towards the virus by the Caribbean leaders was a contributing factor in reducing the number of cases and deaths during the first five months of COVID-19 in the region. The results also found that a correlation exists between the prime ministers' social network and their effectiveness in managing the virus. In addition, the words expressed by the prime ministers in reference to COVID-19 were clear and practical therefore making it easier for the prime ministers to implement strict measures to control the spread of the virus in the region. © 2021 IEEE.

The specific metabolome profiling of patients infected by SARS-COV-2 supports the key role of tryptophan-nicotinamide pathway and cytosine metabolism.

The biological mechanisms involved in SARS-CoV-2 infection are only partially understood. Thus we explored the plasma metabolome of patients infected with SARS-CoV-2 to search for diagnostic and/or prognostic biomarkers and to improve the knowledge of metabolic disturbance in this infection. We analyzed the plasma metabolome of 55 patients infected with SARS-CoV-2 and 45 controls by LC-HRMS at the time of viral diagnosis (D0). We first evaluated the ability to predict the diagnosis from the metabotype at D0 in an independent population. Next, we assessed the feasibility of predicting the disease evolution at the 7th and 15th day. Plasma metabolome allowed us to generate a discriminant multivariate model to predict the diagnosis of SARS-CoV-2 in an independent population (accuracy > 74%, sensitivity, specificity > 75%). We identified the role of the cytosine and tryptophan-nicotinamide pathways in this discrimination. However, metabolomic exploration modestly explained the disease evolution. Here, we present the first metabolomic study in SARS-CoV-2 patients which showed a high reliable prediction of early diagnosis. We have highlighted the role of the tryptophan-nicotinamide pathway clearly linked to inflammatory signals and microbiota, and the involvement of cytosine, previously described as a coordinator of cell metabolism in SARS-CoV-2. These findings could open new therapeutic perspectives as indirect targets.

Management of COVID-19 in a French Nursing Home: Experiences from a Multidisciplinary Mobile Team.

BACKGROUND: Long-term residential care facilities and nursing homes are known to be particularly vulnerable to viral respiratory diseases and have expressed the need for multidisciplinary collaboration to help manage outbreaks when they occur. METHOD: In April 2020, Tours University Medical Center created a multidisciplinary mobile team to help local nursing homes deal with outbreaks of coronavirus disease 2019 (COVID-19). The team included a geriatrician, infectious disease experts, and palliative care specialists. RESULTS: On April 8th, 2020, the first intervention took place in a 100 residents nursing home with a total of 18 confirmed cases among 26 symptomatic residents and five deaths. The nursing home staffs' main requests were a multidisciplinary approach, consensus decision-making, and the dissemination of information on disease management. CONCLUSION: Three lessons emerged from this collaboration: (i) intensify collaborations between hospitals and nursing homes, (ii) limit disease transmission through the use of appropriate hygiene measures, broad screening, and the isolation of sick residents and sick employees, and (iii) provide sufficient human resources.

Suivi clinique a 30 et 60 jours des patients ayant presente une forme moderee de COVID-19.

Declaration de liens d'interets: Les auteurs declarent ne pas avoir de liens d'interets. Copyright © 2020

COVID-score : un outil de détection clinique des cas de COVID-19 en situation de co-circulation virale

Introduction La COVID-19 est apparue en France en février, avec un pic atteint fin mars 2020. Le diagnostic repose sur la détection d’ARN de SARS-CoV-2 sur écouvillon rhino-pharyngé. La clinique est peu spécifique et le diagnostic est évoqué devant une toux fébrile. Toutes les régions n’ont pas été atteintes avec la même intensité, avec la persistance d’une co-circulation des autres virus hivernaux, rendant le diagnostic clinique difficile. L’objectif de cette étude était de déterminer un score clinique prédictif d’infection à SARS-CoV-2 dans un contexte de faible prévalence de COVID et de co-circulation virale. Matériels et méthodes Cette étude prospective multicentrique a été menée dans les centres de consultation COVID de 4 centres de la région Grand-Ouest. Un formulaire clinique standardisé a été proposé à tous les patients vus en consultation pour suspicion de COVID-19 entre le 15 mars et le 30 avril 2020. Les critères d’inclusion étaient : âge adulte, non-opposition écrite, et indication d’un test de dépistage par PCR. Le critère de jugement principal était la positivité de la PCR SARS-CoV-2. Les items significatifs en analyse univariée ont été intégrés à une régression logistique pour déterminer les signes associés à la présence de SARS-CoV-2. Une valeur de p<0,05 était considérée significative. Un score a été construit à partir des paramètres de l’analyse multivariée. Résultats Sur les 1233 patients inclus, 242 (19,6 %) présentaient une PCR positive à SARS-CoV-2. 92 % des patients présentaient des symptômes généraux, 78 % des symptômes ORL, 57 % des symptômes stomatologiques (dysgueusie, sècheresse buccale), 89 % des symptômes thoraciques (toux, essoufflement, douleur pharyngée, pesanteur thoracique), et 87 % d’autres symptômes. Le nombre médian de groupes de symptômes était de 4. Les critères cliniques significativement associés à une PCR positive en analyse multivariée étaient : l’âge (A) (OR :1,03 [1,02–1,04]), la présence de fièvre (F) (1,8 [1,3–2,5]), de myalgies (M) (2,3 [1,6–3,2]), d’anosmie (An) (3,3 [2,2–5,2]), de dysgueusie (Dg) (2,2 [1,4–3,3]), d’essoufflement (E) (0,62 [0,44–0,87]), de pesanteur thoracique (PT) (0,67 [0,47–0,97]) et de douleur pharyngée (DP) (0,47 [0,34–0,65]). Les autres signes ORL (rhinorhée (57 vs 55 %), obstruction nasale (44 vs 37 %), éternuements (46 vs 45 %), toux (73 vs 71 %)) n’étaient pas discriminants en analyse univariée dans notre population, ainsi que les céphalées (72 vs 75 %), l’asthénie (88 vs 82 %) ou la présence de diarrhées (33 vs 29 %). Le score proposé était : A×0,1+F×2,5+M×3+An×5+Dg×3−E×2−PT×1,5−DP×3. L’aire sous la courbe était de 0,78. Conclusion Chez des patients symptomatiques en situation de faible circulation de SARS-CoV-2 et de co-circulation virale, une anosmie sans obstruction nasale, l’absence de douleur pharyngée ou de pesanteur thoracique semblait fortement évocatrice de COVID-19, d’autant plus chez les patients jeunes. Un tel score pourrait s’avérer utile en cas de re-circulation virale dans les mois à venir pour cibler au mieux les mesures de détection et de prévention.

Comparaison des tests sérologiques SARS-CoV2 Euroimmun IgG, Abbott IgG et Wantai Ac totaux

Introduction La sérologie SARS-CoV2 est recommandée par la HAS pour le diagnostic de l’infection à SARS-CoV2 si la PCR est négative ou non faite et seulement à partir de j7 ou j14 après le début des symptômes. La HAS recommande l’utilisation de tests présentant une sensibilité ≥90–95 % et une spécificité ≥98 %. L’objectif de notre étude était de comparer les performances des tests sérologiques SARS-CoV2 Euroimmun IgG, Abbott IgG et Wantai Ac totaux dans ces indications. Leurs performances ont été évaluées sur 63 sérums de patients avec PCR SARS-CoV2 positive (avant j7, n=5 ;j7–j13, n=14 ;≥j14, n=44) et 98 sérums contrôles pré-pandémiques dont 42 provenant de patients avec un antécédent d’infection par un Coronavirus saisonnier. Matériels et méthodes Les sérums du groupe SARS-CoV2 ont été collectés entre le 8 avril et le 11 mai 2020 chez des patients hospitalisés avec une infection par le SARS-CoV2 confirmée par PCR. Les sérums contrôles pré-pandémiques ont été collectés avant novembre 2019. Les sérologies SARS-CoV2 ont été réalisées rétrospectivement par test ELISA (Euroimmun IgG et Wantai Ac totaux) et par chimioluminescence (Abbott IgG sur système Alinity-i). Les résultats ininterprétables (ratio 0,9-1-1) des tests Euroimmun et Wantai ont été considérés négatifs. Résultats La sensibilité des tests Euroimmun IgG, Abbott IgG et Wantai Ac totaux après j14 était de 94,9 % (37/39), 97,4 % (38/39) et 97,4 % (38/39), respectivement. Le seul faux négatif commun aux trois techniques correspondait à une patiente transplantée cardiaque. La sensibilité de ces mêmes tests après j7 était de 79,3 % (46/58), 87,9 % (51/58) et 94,8 % (55/58), respectivement. La spécificité de ces mêmes tests était de 91,8 % (90/98), 99,0 % (97/98) et 100 % (98/98), respectivement. Des sérologies SARS-CoV2 Euroimmun IgG faussement positives étaient observés chez des patients avec ou sans antécédent d’infection par des Coronavirus saisonniers (3/42 soit 7 % vs 5/56 soit 9 %). Les ratios des positifs du groupe contrôle étaient plus faibles que ceux du groupe infecté (médiane de 2,6 vs 7,7, p<0,006). Conclusion La sensibilité des tests sérologiques SARS-CoV2 répond aux exigences de la HAS (≥95 %) dès j7 (Wantai Ac totaux) ou j14 (Euroimmun IgG et Abbott IgG). L’immunodépression ou un prélèvement trop précoce (avant j7 ou j14) sont des situations confirmées comme particulièrement à risque de faux négatifs. La spécificité des tests annoncée par les fabricants (>98 %) a été vérifiée pour les tests Abbott IgG et Wantai Ac totaux. La spécificité du test Euroimmun IgG observée dans cette étude (91,8 %) ne correspondait pas à celle annoncée par le fabricant (98,5 %). Une vigilance particulière doit être apportée à l’interprétation des résultats positifs avec cette technique. Les performances des tests sérologiques SARS-CoV2 évalués ici sont bonnes dans l’ensemble. Les variabilités de performance observées devraient contribuer à l’amélioration de ces tests.

The specific metabolome profiling of patients infected by SARS-COV-2 supports the key role of tryptophan-nicotinamide pathway and cytosine metabolism (preprint)

BackgroundThe biological mechanisms involved in SARS-CoV-2 infection are only partially understood. Thus we explored the plasma metabolome of patients infected with SARS-CoV-2 to search for diagnostic and/or prognostic biomarkers and to improve the knowledge of metabolic disturbance in this infection.Materials and Methods                            We analyzed the plasma metabolome of 55 patients infected with SARS-CoV-2 and 45 controls by LC-HRMS at the time of diagnosis (D0). We first evaluated the ability to predict the diagnosis from the metabotype at D0 in an independent population. Next, we assessed the feasibility of predicting the disease evolution at the 7th and 15th day.ResultsPlasma metabolome allowed us to generate a discriminant multivariate model to predict the diagnosis of SARS-CoV-2 in an independent population (accuracy>74%, sensitivity, specificity>75%). We identified the role of the cytosine and tryptophan-nicotinamide pathways in this discrimination. However, metabolomic exploration modestly explained the disease evolution.DiscussionHere, we present the first metabolomic study in SARS-CoV-2 patients which showed a high reliable prediction of early diagnosis. We have highlighted the role of the tryptophan-nicotinamide pathway clearly linked to inflammatory signals and microbiota, and the involvement of cytosine, previously described as a coordinator of cell metabolism in SARS-CoV-2. These findings could open new therapeutic perspectives as indirect targets.